Não há rotina ou processo que faça importação de NCM's ao protheus.
Para manutenções na SYD, podemos utilizar a rotina EICA130 (incluir no Menu) que permite acesso a tabela e com isso poderá alterar ou incluir manualmente o registro.
Para usuarios do SIGAEIC existe o processo conforme link abaixo:
http://tdn.totvs.com/display/public/mp/Tabela+SYD+no+SIGAEIC